사건의 개요

원고들이 각각 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정에 따라 법인세를 신고․납부하였음에도 불구하고, 처분청인 피고는 원고들의 2012사업연도 법인세 신고와 관련하여 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업 규정에 따라 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호에 다른 중소기업 유예기간의 배제요건에 해당한다고 하여 일반법인에게 적용하는 최저한세율(11%)에 의하여 2014. 9. 4. 원고 부전전자에게 2012사업연도 법인세 488,319,810원을 경정․고지하지 하고, 원고 글로플렉스에게 2012사업연도 법인세 196,773,526원을 경정․고지한 사안에서, 조세법률주의 및 소급과세금지 원칙에 위반되어 위법하다고 주장하며 원고가 법인세부과처분취소소송을 제기한 사안입니다.

기초사실

담당 사건 재판부는 원고의 청구를 모두 받아들여 피고 처분청이 한 법인세부과처분을 취소하였습니다.

선고결과

조세관련 사건은 과세관청의 행정관행 내지 유권해석의 틀을 벗어난 판단을 내리지 않는 문제점이 있는데 사안에서는 조세법률주의와 소급과세금지원칙에 비추어보면 원고들에 대한 2012사업연도 법인세는 2012년에 시행되고 있던 법률에 명확한 근거가 있어야 된다고 할 것이며, 2012년 이후에 제정 또는 개정된 법령에 의하여는 이미 그 효력 발생전에 종결한 원고들에 대한 2012사업연도 법인세 과세요건사실에는 적용할 수 없다고 할 것입니다. 그럼에도 불구하고 사안의 경우 처분청인 피고의 2014. 9. 4.자 원고들에 대한 법인세 부과처분은 2012년 이후에 제정 또는 개정된 법령에 의거하여 이루어진 것으로서 명백히 조세법률주의와 소급과세금지원칙에 위배되는 것으로서 위법하다는 판단을 받은 것으로서 법령해석과 관련된 다툼에서 승소하여 기납부한 다액의 법인세액을 환급받은 보기 드문 사례라고 할 것입니다.